En el cumplimiento de sus tareas, la EUAA actúa en estrecha colaboración con los organismos internacionales e intergubernamentales pertinentes, en el marco de los acuerdos de cooperación, algunos de los cuales adoptan la forma de un acuerdo de trabajo y otros se suscriben mediante un canje de notas. Estos acuerdos de cooperación suscritos por la Agencia antes de la entrada en vigor del Reglamento por el que la EASO se transforma en la Agencia de Asilo de la Unión Europea siguen siendo aplicables.
La Agencia coordina activamente su trabajo con las organizaciones internacionales para garantizar la complementariedad y evitar la duplicación de trabajo.
Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR)

La EUAA coopera estrechamente con el ACNUR, que participa en todos los ámbitos contemplados en el Reglamento de la Agencia. El ACNUR goza de condición de observador en el Consejo de Administración de la Agencia y tiene una oficina de enlace permanente con la Agencia en Malta. Se organizan reuniones anuales de alta dirección y regularmente se celebran reuniones de coordinación y reuniones temáticas técnicas entre la sede de la EUAA y la oficina de enlace/la sede principal/la oficina de Bruselas del ACNUR. Los colaboradores respectivos en los países de acogida de las operaciones también están en contacto habitualmente. Su misión es promover la cooperación y coordinación de nuestro trabajo respectivo y el acuerdo de trabajo de la Agencia con el ACNUR se renovó en 2021.
Organización Internacional para las Migraciones (OIM)

La EUAA y la OIM cooperan en cuestiones de interés común en el campo de la gestión del asilo y la migración y coordinan sus actividades y apoyo respectivos a los Estados miembros para lograr eficacia, eficiencia, una máxima cooperación y la eliminación de duplicaciones innecesarias. La Agencia y la OIM suscribieron un acuerdo de trabajo en 2019.
El Consejo de Europa

La EUAA coopera con el Consejo de Europa en materia de derechos humanos en el contexto de la migración y el asilo (por ejemplo, la protección de los derechos de la infancia, la lucha contra la trata de seres humanos), en consonancia con los principios establecidos en el memorando de entendimiento entre el Consejo de Europa y la Unión Europea (23 de mayo de 2007).
Centro Internacional para el Desarrollo de Políticas Migratorias (CIDPM)

La EUAA y el CIDPM cooperan en cuestiones de interés común en relación con la gestión del asilo y la migración. La EUAA y el CIDPM celebran intercambios con regularidad para maximizar las sinergias, reforzar la coordinación de actividades para garantizar la eficacia y la complementariedad de las acciones e impedir la posible duplicación de esfuerzos. La Agencia y el CIDPM concluyeron un canje de notas en 2020.
Consultas Intergubernamentales sobre Migración, Asilo y Refugiados (CIG)

La EUAA y las CIG cooperan en cuestiones de interés común en el campo de la gestión del asilo y la migración y coordinan y alinean las actividades para minimizar la duplicación y aumentar los beneficios. La Agencia y las CIG concluyeron un canje de notas renovado en 2021.
Conferencia de Directores Generales de los Servicios de Inmigración (GDISC)

La EUAA participa activamente en las reuniones de la red sobre migración y asilo organizadas por la GDISC. La GDISC es una red de autoridades nacionales europeas en materia de inmigración para facilitar la cooperación práctica y una plataforma para intercambiar buenas prácticas sobre migración y asilo.